Säätiön rahoittamat kohteet valitaan suojeluvaliokunnan suojeluperusteiden mukaan. Lopullisiin suojelupäätöksiin vaikuttavat myös kohteiden maantieteellinen jakautuminen ja käytettävissä olevat suojeluresurssit kussakin suojelukierroksessa.
Suojeluperusteet voidaan jakaa ensisijaisiin suojelun arviointiperusteisiin sekä suojeluarviointia tukeviin perusteisiin.
Puuston ikä lisää suojeluarvoa sitä enemmän, mitä vanhempaa puusto on verrattuna metsien alueelliseen ikärakenteeseen. Vanhimmat metsät ovat yleensä olleet pitkän ajan häiriöttä ja niiden lajistollinen suojeluarvo kehittyy nopeimmin nuorempiin metsiin verrattuna.
Lahopuu on tärkeä monille metsälajeille, kuten hyönteisille, sienille ja linnuille. Lahopuuston määrä vaihtelee paljon sekä luontaisesti että metsänkäsittelyhistorian vuoksi. Yleisesti metsien ikä pohjoiseen päin nousee ja lahopuun määrä vähenee. Suojeluarvoa lisäävä lahopuun määrä suhteutuu alueelliseen tilanteeseen. Lahopuun määrän lisäksi lahopuun laadullinen monipuolisuus lisää suojeluarvoa.
Metsän aiemmat käsittelyt vaikuttavat metsän rakenteeseen ja kehitykseen. Luonnontilaisemmat, vähän käsitellyt metsät ovat usein arvokkaampia suojelun kannalta.
Kohteessa voi olla useita erilaisia elinympäristöjä tai metsän rakenteita, jotka muodostavat monimuotoisen kokonaisuuden. Monipuolisuus lisää suojeluarvoa, koska se tarjoaa elinympäristöjä useammille lajeille. Se voi nostaa kohteen suojeluarvoa silloinkin, kun puuston ikä tai lahopuusto ei ole erityisen merkittävä.
Puulajiston monipuolisuus on keskeinen metsälajiston esiintymistä määrittävä tekijä.
Latvuskerrokset lisäävät metsän rakenteellista monipuolisuutta ja eri puusukupolvien esiintyminen vaikuttaa puustoon sidotun lajiston menestymiseen.
Erityisen arvokkaat elinympäristöt, kuten lehdot, korvet tai pienvedet, nostavat kohteen suojeluarvoa.
Kohteen läheisyys muihin suojelualueisiin tai luonnon monimuotoisuuden kannalta arvokkaisiin kohteisiin lisää suojelun vaikuttavuutta.
Suurempi ja yhtenäinen alue voi olla ekologisesti arvokkaampi kuin pieni tai pirstoutunut kohde. Säätiö suojelee lähtökohtaisesti vähintään 1 hehtaarin alueita.
Monipuolinen ja uhanalaisten lajien esiintyminen nostaa kohteen suojelullista arvoa.
Suojeltavaksi voidaan esittää myös muita kohteita, jotka ovat eri syistä muusta metsäluonnosta poikkeavia. Tällaisia erityiskohteita ovat esimerkiksi metsäpaloalueet, muut merkittävien häiriöiden johdosta syntyneet kohteet sekä harvinaiset metsäluontotyypit.